Pythonの隠れマルコフモデルライブラリGHMMのインストール
Pythonの隠れマルコフモデル(Hidden Markob Model)ライブラリである、GHMMのインストールとその使いかたについて紹介します。私の環境はUbuntuです。
GHMMのホームページ : ghmm.org
まずは依存するライブラリ群をインストールします。
$ sudo apt-get update $ sudo apt-get install build-essential automake autoconf libtool $ sudo apt-get install python-dev $ sudo apt-get install libxml++2.6-dev $ sudo apt-get install swig
GHMMが公開されているレポジトリはSubversionでバージョン管理されているので、まずはSubversionをインストールします。
$ sudo apt-get install subversion
次に、Subversion上にあるレポジトリを以下のコマンドでダウンロードします。
$ svn checkout svn://svn.code.sf.net/p/ghmm/code/trunk/ghmm ghmm
最後に以下のコマンドでインストールを完了します。
$ cd ghmm $ sh autogen.sh $ sudo ./configure $ sudo make $ sudo make install $ sudo ldconfig
と、ここまでが公式ホームページに載っているインストールの方法ですが、実際は./configureを実行すると、エラーメッセージが表示されます。
どうやら日本語フォントのせいで発生するようです。これに対応するには、
~/ghmm/ghmmwrapper/setup.py を編集します。
下記の一文をsetup.pyの2行目に挿入してから、./configureを実行します。
#-*-coding:utf-8-*-
最後に動作確認です。
pythonコンソールを開き、
import ghmm help('ghmm')
を実行してエラーがでなければ、インストール完了です。helpコマンドでドキュメントが見られます。
GHMMの簡単な使い方については以下の記事を参考にしてください。